CDex può estrarre i dati direttamente (digitale) da un CD audio, che di solito è chiamato estrattore audio o utilitario CDDA. Il file audio risultante può essere un semplice file WAV (utile per creare compilation di CD audio) oppure i dati audio estratti possono essere compressi utilizzando un encoder audio come MP3, FLAC, AAC, WMA o OGG.
Inoltre, i file WAV sull'hard disk possono essere convertiti in un file audio compresso (e viceversa). CDex supporta anche molti formati di tag dei file audio, come le tag ID3V1 e ID3V2, che possono essere inserite automaticamente come parte del processo di estrazione.