Avec la popularisation des clés USB sont venus les virus de ce type de dispositif, qui deviennent de plus en plus courants au désespoir de tous. Ce type de virus utilise généralement la fonction AutoRun et exécute automatiquement les fichiers au moment où le dispositif est détecté par Windows.
Le USB Doctor protège les principaux fichiers et dossiers utilisés par des virus de ce type, notamment le autorun.inf et le dossier recycler.