Insieme alla popolarizzazione delle pen drive sono arrivati i virus di questo tipo di dispositivo, che stanno diventando sempre più comuni per disperazione di tutti. Questo tipo di virus utilizza generalmente la funzione AutoRun e esegue automaticamente i file nel momento in cui il dispositivo viene rilevato da Windows.
USB Doctor protegge i principali file e cartelle utilizzati da virus di questo tipo, come autorun.inf e la cartella recycler.