Bersama dengan popularitas pendrive, muncul virus dari jenis perangkat ini yang semakin umum dan menyebalkan bagi semua orang. Jenis virus ini biasanya memanfaatkan fitur AutoRun dan menjalankan file secara otomatis saat perangkat terdeteksi oleh Windows.
USB Doctor melindungi file dan folder utama yang digunakan oleh virus jenis ini, seperti autorun.inf dan folder recycler.