Junto com a popularização de pendrives vieram os vírus deste tipo de dispositivo quem tem se tornado cada vez mais comum para o desespero de todos. Esse tipo de vírus geralmente utiliza o recurso AutoRun e executa os arquivos automaticamente no momento em que o dispositivo é detectado pelo Windows.
O USB Doctor protege os principais arquivos e pastas utilizadas por vírus desse tipo que seriam o autorun.inf e a pasta recycler.