Samen met de popularisering van pendrives kwamen de virussen van dit type apparaat, die steeds vaker voorkomen tot wanhoop van iedereen. Dit type virus maakt meestal gebruik van de AutoRun-functie en voert de bestanden automatisch uit op het moment dat het apparaat door Windows wordt gedetecteerd.
USB Doctor beschermt de belangrijkste bestanden en mappen die door dit type virus worden aangetast, zoals autorun.inf en de map recycler.