Pendrive'lerin yaygınlaşmasıyla birlikte, bu tür cihazlar için virüsler de yayılmaya başladı ve bu durum herkesin umutsuzluğuna yol açtı. Bu tür virüsler genellikle AutoRun özelliğini kullanır ve cihaz Windows tarafından algılandığında dosyaları otomatik olarak çalıştırır.
USB Doctor, bu tür virüslerin hedef alabileceği ana dosyaları ve klasörleri, yani autorun.inf ve recycler klasörünü korur.